生物肥与有机肥配合合理。生物肥料施入土壤后需要繁殖和活性，这两个过程也需要适宜的环境和充足的能量供应。有机肥可以满足生物肥料的需要。
有机肥分解后释放的有机酸可使土壤轻度酸化，而生物肥料中的微生物菌群在弱酸状态下具有较高的活性;氨基酸、无机盐、无机盐等，有机肥分解后释放的单糖和纤维素是微生物区系活动的能量来源。
此外，这些微生物群落的排泄物会加速有机肥料的分解并释放能量。生物肥和复合肥的组合呢?没关系。但要科学合理地使用，否则只会浪费生产资金。
生物菌肥和复合肥需要间隔施用。如果一起施用，复混肥溶解后，局部肥料浓度过高，会影响微生物区系的活性;而且，如果联合施用，单一的化肥环境不适合微生物区系的活动，导致微生物区系的死亡和减少。
